Neben der institutionellen Förderung wirbt das WZB ergänzend in nicht unerheblichem Umfang Drittmittel u. a. von Forschungsförderungsorganisationen, Bundesministerien, der Europäischen Kommission, öffentlichen und privaten Stiftungen sowie auch aus der Wirtschaft ein. Bei der Einwerbung und der Durchführung der Drittmittelprojekte werden die Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen in allen administrativen und rechtlichen Belangen durch den in der Verwaltung des WZB angesiedelte Drittmittelservice unterstützt.

Der Drittmittelservice hält Informationen bereit zu Förderbedingungen und -möglichkeiten der für das WZB relevanten Drittmittelgeber und erstellt Vorkalkulationen und administrative Antragsunterlagen in Zusammenarbeit mit den Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern. Zu den Aufgaben des Drittmittelservice gehören ferner die Prüfung der Verträge und Bewilligungen im Hinblick auf deren steuerrechtliche Zuordnung, das Finanz- und Vertragscontrolling von Forschungsprojekten, die Erstellung von Abrechnungen und Verwendungsnachweisen sowie die administrative Koordination von Projektverbünden in enger Zusammenarbeit mit den Projektleitungen.