Das Forschungsprogramm des Zentrums gliedert sich in drei Schwerpunkte. Schwerpunkt 1: Restrukturierung politischer Konflikte widmet sich der Analyse langfristiger Veränderungen politischer Konfliktstrukturen. Die Projekte sollen Erkenntnisse über die Entwicklung von Mobilisierungspotenzialen, langfristige Veränderungen in Protest- und Wahlarenen sowie die Politisierung gesellschaftlicher Schlüsselprobleme liefern. Schwerpunkt 2: Neue Landschaften der Konfliktaustragung bündelt Projekte, die sich vertiefend mit den Veränderungen der zivilgesellschaftlichen Organisationslandschaft sowie den Interaktionen verschiedener politischer Akteure und Arenen in der Konfliktaustragung beschäftigen. Die Projekte im Schwerpunkt 3:  Zivilgesellschaft und Sozialkapital verbindet die Forschung zu Zivilgesellschaft, Sozialkapital und sozialem Zusammenhalt. Darüber hinaus leistet das Zentrum einen wichtigen Beitrag zur Dateninfrastruktur für die Langzeitbeobachtung von Parteienwettbewerb und Protest in Europa. Am Zentrum sind das Manifesto-Projekt und das Observatory for Political Conflict and Democracy (PolDem) angesiedelt.